疾控中心实验室多，各类实验室分布集中，分区而立，疾控中心的实验室建设，须综合考虑多重因素，统筹规划。
新建疾病预防控制中心实验室应符合当地城市建设总体规划，其选址宜符合下列要求： 1、充分利用城市基础设施； 2、地形规整，交通方便； 3、避让饮用水源保护区； 4、避开化学、生物、噪声、振动、强电磁场等污染源及易燃易爆场所。
新建疾病预防控制中心实验室平面设计原则，宜符合下列要求： A．实验用房宜与办公等其他功能用房分开设置，不同类别实验室建筑宜独立设置，合理分区。
实验室建筑宜处于最小风频上风向。
B．各类实验用房集中在一个楼宇的，垂直布局由上至下宜按照毒理（包括动物实验室）、理化、微生物依次安排。
业务、实验、行政及保障等各类功能用房集中在一个楼宇的，实验用房宜置于楼宇上部。
C．楼层平面宜为中廊式。
实验区位于楼层一端，垂直通道、实验人员办公及生活等其它区域位于楼层另一端，与实验有关的辅助用房可置于上述二个区域之间。
疾病预防控制中心实验室应具备以下基本功能： 省级：开展免疫学、生物化学、分子生物学实验，细菌、病毒、霉菌及其他微生物培养分离鉴定，生物恐怖、中毒事件微生物培养分离鉴定，食品、水、空气、涉水产品、化妆品等的微生物检测，消毒灭菌效果检测，健康相关物品微生物检测，寄生虫病中间宿主的种群鉴定和密度测定，寄生虫病中间宿主和虫媒的抗药性测定，作业场所、公共场所、生活居住环境有毒有害因素的相关实验，食品、化妆品、涉水产品的安全性检测，消杀产品和卫生产品卫生质量分析，健康相关物品材料的安全性和卫生质量分析，大型医用设备应用质量检测，食物中毒、职业中毒、农药中毒事件毒物分析，化学污染事件因素检测分析，核恐怖、放射污染事件因素检测分析，急性、亚急性、亚慢性与慢性毒性试验，刺激性与过敏性试验、致癌与致畸毒性试验，营养与保健食品功能评价，化妆品功能评价，其他健康相关物品有关功能评价。
地级：开展免疫学、生物化学、分子生物学实验，常见细菌、病毒、霉菌培养分离鉴定，生物恐怖、中毒事件微生物培养初步分离鉴定，食品、水、空气、涉水产品、化妆品等的卫生质量检测，消毒灭菌效果检测，健康相关物品微生物检测，寄生虫病病原学检测，寄生虫病中间宿主的种群鉴定和密度测定，寄生虫病中间宿主和虫媒的抗药性测定，作业场所、公共场所、生活居住环境有毒有害因素的相关实验，饮用水和水源水质分析，食物中毒、职业中毒、农药中毒事件毒物及化学污染事件因素检测初步分析。
县级：开展免疫学、生物化学实验，细菌培养分离鉴定，常见中毒事件微生物培养初步分离，食品、水、空气、涉水产品、化妆品等的微生物检测，寄生虫病病原学检测，寄生虫病中间宿主的种群鉴定和密度测定，作业场所、公共场所、生活居住环境有毒有害因素的相关实验，饮用水和水源水质分析，常见毒物和化学污染因素的初步分析 实验室功能分区与平面布局之实验室种类及功能分区 虽然各单位实验室功能分区以及名称不尽相同，但基本是由微生物实验室、理化实验室、洁净室、血清免疫学室、收样室及附属仓库、培养室、洗涤消毒室、淋浴间以及仪器室、试剂仓库、纯水制备室、标准物室、配制室、室外气体存放间、样品消化处理室、更衣室等附属功能间构成。
各功能间内根据专业要求再配备中央实验台、边台、超净工作台、洗涤台、仪器台、天平台、烘箱台、高温台、电脑台、试剂柜、毒品柜、通风柜、气瓶柜、仪器柜、文件柜、更衣柜等实验室家具。
此外，实验室的服务系统，譬如：供电、上下水、惰性及氧化性气体供气管线、通讯、电脑网络、消防、安防、通风及净化、空调、废弃物处置以及消毒等基本元素的科学合理组合使之达到相应的国家标准。
省、地、县级疾病预防控制中心根据职能分工应建立下列功能实验室： 省级：P3实验室，分子生物学实验室，肠道细菌检测实验室，食源性病原菌分离鉴定实验室，呼吸道病毒实验室，肠道病毒实验室（含脊灰实验室），HIV确认实验室，结核病参比实验室，地方病实验室，寄生虫病实验室，消毒实验室，杀虫实验室，食品、化妆品、水质、涉水产品等健康相关产品微生物实验室，霉菌分离及鉴定实验室，虫媒病毒实验室，毒理室及感染动物房，放射防护检测实验室，职业卫生检测室，化学毒物及毒素检测实验室，普通理化实验室，生化实验室。
地级：分子生物学实验室，血清学实验室，肠道菌实验室，食源性病原菌分离鉴定实验室，HIV初筛实验室，结核病参比实验室，地方病实验室，寄生虫病实验室，消毒实验室，杀虫实验室，食品、化妆品、水质、涉水产品等健康相关产品微生物实验室，霉菌分离及鉴定实验室，放射防护检测实验室，职业卫生检测室，常见化学毒物检测实验室，普通理化实验室。
县级：血清学检测实验室，食源性病原菌及肠道菌分离鉴定实验室，HIV初筛实验室，结核病实验室，地方病实验室，寄生虫病实验室，食品、化妆品、水质、涉水产品等健康相关产品微生物实验室，职业卫生和放射防护检测室，理化实验室，生化实验室。
除有特殊要求的实验室外，各级疾病预防控制中心开展相关病原微生物工作的实验室应达到P2实验室的建设标准。
可针对本地区疾病预防控制工作的实际，充分考虑需要和可能以及利用率，设置相应功能的实验室。
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