与《洁净厂房设计规范》比较《GMP设计规范》突出了医药行业药品生产的自身特点和特殊要求，并结合医药行业GMP的具体情况，对药厂厂址选择及总平面布置、工艺设计、设备、建筑、空气净化、给排水、电气等作了具体详细的规定和说明，可操作性较强。
以下就《GMP设计规范》与《洁净厂房设计规范》做一比较。
1.适用范围 《GMP设计规范》与《洁净厂房设计规范》的适用范围不同。
《GMP设计规范》适用于“新建、改建和扩建的医药制剂，原料药和药用包装材料，无菌医疗器械等医药工业洁净厂房”的设计，其中包括生物制药洁净厂房的设计，而《洁净厂房设计规范》不适用于“以细菌为控制对象的生物洁净室”。
2.洁净区环境参数 2.1主要控制对象和空气洁净度 因《GMP设计规范》适用于生物洁净室而《洁净厂房设计规范》不适用，所以两规范针对的控制对象也就不同。
《洁净厂房设计规范》适用于洁净区只控制微粒，而《GMP设计规范》不仅要控制微粒，还要控制微生物。
因此，《GMP设计规范》不仅给出了每一洁净度等级下的不同粒径的尘埃数目，而且给出了每一洁净度等级下的沉降菌和浮游菌的含菌浓度指标。
《洁净厂房设计规范》只给出了每一洁净度等级下的不同粒径的尘埃数目。
从两规范的空气洁净度等级划分以及相应的控制指标来看：两规范的空气洁净度等级划分以及对大于5μm尘粒的控制数目也不同。
《GMP设计规范》把空气洁净度划分为100级，10000级，100000级，大于100000级（相当于300000级）。
《洁净厂房设计规范》的洁净度划分为100级，1000级，10000级， 100000级。
对大于5μm尘粒的控制数目也不同。
如美国TSI的：风速仪、风量罩、激光粒子计数器、实时浮游菌粒子计数器、凝聚核粒子计数器等仪器，可以协助企业对洁净度进行检测及控制。
服务热线：400-888-7926 2.2温湿度 《GMP设计规范》按洁净度等级规定了温湿度的范围。
100级，10000级区域一般控制温度为20～24℃，相对湿度为45%～60%，100000级区域一般控制温度为18～28℃，相对湿度为50%～65%。
生产工艺有特殊要求时，应根据工艺要求确定。
《洁净厂房设计规范》对温湿度的规定是在“空气净化”一章中给出的，生产工艺无温湿度要求时，控制温度为20～26℃，相对湿度低于70%；人员净化用室和生活用室温度为16～28℃。
有特殊要求时，应根据工艺要求确定。
2.3噪声级 《GMP设计规范》与《洁净厂房设计规范》在噪声级上也有很大区别。
3.厂址选择和总平面布置 医药企业受环境的影响较大，对环境的影响也较大，因此，厂址选择极为重要。
尤其是周围环境的大气含尘、含菌浓度要低，水质要好。
对于某些特殊药品的厂房，如青霉素类等，其总平面布置应考虑防止与其他产品的交叉污染；原药和制剂产品兼有的药厂，原料药生产区应置于制剂生产区的下风侧；三废处理、锅炉房等有严重污染的区域应置于厂房的最大频率风向下风侧；危险品库应设于厂区安全位置，并相应的保护措施；厂区主要道路应贯彻人流与物流分流的原则。
对于厂区绿化《GMP设计规范》明确指出“不宜种花”，因为花粉是造成污染的原因之一。
4.工艺设计 4.1工艺布局 药品生产的工艺流程日益复杂，使用的原材料品种规格繁多，加上生产员工较多以及操作频繁，很容易造成人为差错和产品的交叉污染。
因此，医药工业洁净厂房的工艺布局是极为重要的。
为防止人流、物流之间的混杂和交叉污染，《GMP设计规范》提出四个基本要求： a.分别设置人员和物料的进出口通道； b.人员和物料进入洁净生产区应有各自的净化用室和设施； c.生产操作区内应只设置必要的工艺设备和设施； d.输送人员和物料的电梯宜分开。
电梯不宜设在洁净区内； 对洁净房间布置，生产辅助用室的布置和洁净度等级《GMP设计规范》也作了规定。
4.2 人员净化 医药工业洁净厂房能否达到GMP要求，人员净化是关键的一环。
在众多的污染源中，人是最大的污染源。
人进入洁净区，如果不进行净化或净化效果不佳，会带入大量的微粒和微生物，严重影响到洁净区的空气洁净度。
针对不同药物不同剂型对微粒和微生物的控制程度，《GMP设计规范》做出了两组不同的人员净化程序。
一组用于非无菌产品和可灭菌产品生产区，另一组用于不可灭菌产品生产区。
5.设备 由于设备本身及其安装质量关系到洁净厂房的洁净效果，《GMP设计规范》要求洁净室内应采用防尘、防微生物污染的设备和设施，对设备的结构、零部件、内外表面、传动部件、过滤装置等的材料、性能、附件及其安装等等都作了明确规定。
当设备安装在跨越不同洁净度等级的房间或墙面时，除考虑固定外，还应采用可靠的密封隔断装置，以保证达到不同等级的洁净要求。
不同空气洁净度区域之间的物料传递如采用传送带时，为防止交叉污染，传送带不宜穿越隔断，宜在隔断两侧分段传送。
在不可灭菌产品生产区中，不同空气洁净度区域之间的物料传递，则必须分段传送，除非该传送装置采用连续消毒方式。
另外，青霉素等药物，高活性、有毒害药物的生产设备，必须专用。
6.工艺管道及给排水管道 医药工业洁净厂房的工艺管道，其种类、材质、输送的介质、介质特性、安全保证措施等等与其他行业的洁净厂房要多得多，也复杂得多。
《GMP设计规范》对工艺管道的材料、安装、保温以及安全等方面的规定比较具体。
同时由于医药工业生产用水量大，用水种类多，水质要求严。
《GMP设计规范》除对给水、排水系统的管材、管道安装等作了说明外，对工艺用水尤其是对与生产紧密相关的纯水、注射用水的水质及其管道系统作了详细的规定。
另外，洁净室内的地漏一直是洁净厂房设计的难点，《GMP设计规范》和《洁净厂房设计规范》中对洁净地漏的要求也不同。
7.空气净化 药品生产尤其是制剂药品的生产，经常是不同药物不同剂型同时存在于同一洁净厂房中。
为防止发生交叉污染，《GMP设计规范》规定下列情况的空气净化系统，如经处理仍不能避免交叉污染时，则不应采用回风： a.固体物料的粉碎、称量、配料、混合、制粒、压片、包衣、灌装等工序； b.固体口服制剂的颗粒、成品干燥设备所使用的净化空气； c.用有机溶媒精制的原料药精制、干燥工序； d.凡工艺过程中产生大量有害物质，挥发性气体的生产工序。
洁净室的气流组织是洁净空调的核心内容。
洁净效果能否达到要求，洁净室的气流组织是否合理和满足要求是关键。
《GMP设计规范》给出了不同洁净度等级的气流组织型式、气流流经室内的断面风速或换气次数。
《洁净厂房设计规范》不仅给出了不同洁净度等级的气流组织型式、气流流经室内的断面风速或换气次数，而且给出了送、回风口的风速。
青霉素类药物，高活性、有毒害药物的生产，有着特殊要求，《GMP设计规范》作了特殊规定。
这些药物的精制、干燥室和分装室，室内要保持正压，与相邻房间或区域之间要保持相对负压。
生产或分装这些药物的房间的送风口和排风口均应安装高效过滤器，使这些药物引起的污染危险降低到最低限度；其空调净化系统应于其他药物的空调净化系统完全分开，防止交叉污染；其排风口与其他药物空调净化系统的新风口之间应相隔一定的距离。
除以上几点外，两规范在“建筑、电气”的具体要求上也有一定的区别。
从总体来看《GMP设计规范》秉承了《洁净厂房设计规范》的编制思想，吸收了其优点，又结合当前国内外洁净厂房设计的进展情况及我国医药行业推行GMP的实践经验，补充了新内容，对不适合医药工业实际情况的部分进行了删改，可操作性更强了。
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